La Badia di Morrona e' situata al centro del comprensorio delle Colline Pisane ed è una delle quattro Badie fondate dai Conti di Fucecchio.
Le prime notizie certe sulle sue origini risalgono alla fine dell'undicesimo secolo e inizialmente fu assegnata ai Monaci Benedettini che nel 1120 sono stati sostituiti dai monaci Camaldolesi .
Il monastero e' stato infatti, dedicato a S. Maria e a S. Benedetto ed il più antico documento conosciuto che ad esso fa riferimento è la conferma della donazione fatta nel 1089 dal Conte Uguccione, figlio del Conte Guglielmo Bulgaro e da Cilia sua moglie.
Le proprietà del Monastero furono ulteriormente aumentate con nuove donazioni dai figli del Conte Bulgaro negli anni 1098 e 1109, il cui possesso fu, successivamente, convalidato dai Pontefici Celestino II nel 1121, Innocenzo II nel 1141 ed Eugenio III 1148.
La Badia di Morrona venne gestita dai Monaci Camaldolesi fino al 1482 quando il Vescovo di Volterra, con cui vi erano state nel corso dei secoli alterne vicende, si impossessò "manu militari" del Monastero e lo trasformò nella propria residenza estiva.
La Curia di Volterra conservò la proprietà del monastero fino al 1870 quando, costituitosi lo Stato Italiano, vennero requisite le proprietà della Chiesa e venduta come azienda agricola.